Week 20/21 2020 | Aarhus, DK

[English] Enjoying Life

Again, I am a tad late on my bi-weekly PhD Diary entry. This time, it’s not because the social distancing rules have me feeling down – quite the contrary: I. Am. Enjoying. Life. So much so that I put off updating this here electronic diary for a relaxing and very enjoyable weekend.

So – where am I at with my work and my life? Why am I so happy these days? Lemme tell ya!

First of all, KrigR is now running with my current co-author, former co-supervisor, and personal friend Richard Davy over at the Nansen Environmental and Remote Sensing Center in Bergen. So far, KrigR is working just fine on his end and he is coming up with benchmarking techniques and inter-comparisons of methods and data sets that have me saying “Huh, I would have never thought of that. That’s really clever.” Richard, if you happen to read this: I’m not trying to suck up, mate. I just genuinely don’t know how much about climate science (as you may well know).

Secondly. NETWORKS! I finally wrangled the massive amounts of potential presence/absence data I’ve got for my first working package into order so that I can produce species-association networks. Why is this such a big deal to me? Well, my PC (and for that matter, almost no PC on earth) could handle the data of presence/absence of tens of thousands of species in a matrix of sites by species with sites representing 9 by 9km grid cells on a global level (we are talking millions of sites here for terrestrial habitats alone). Conclusively, I needed to find biologically sensible ways of breaking the data into smaller compartments and I have! I don’t want to spoil it too much here, but I am quite proud of it. With this achieved, I can finally establish species-association networks for each of these mysterious compartments. Those networks aren’t pretty. Or useful. Not yet.

Thirdly and on the notion of my networks not being useful (yet), I just read a very interesting publication on why presence/absence data alone is not ideal (a euphemism, for sure) in identifying species interactions/associations. I clearly need to rethink a few of my approaches to building species-association networks for my study if I am to complete my third work package which is the most important of my work packages. I’m looking forward to getting on top of this issue a lot!

Lastly, without going too much into detail, my private life has taken a marked turn for the better with me establishing a few new social connections here in Aarhus (which has been difficult with the current situation so far).

[German] Das Leben Genießen

Wieder bin ich ein bisschen spät dran bei meinem zweiwöchentlichen Eintrag im Doktorandtentagebuch. Diesmal nicht, weil ich mich aufgrund der sozialen Distanzierung niedergeschlagen fühle – ganz im Gegenteil: Ich. Genieße. Mein. Leben. So sehr, dass ich es aufgeschoben habe, dieses elektronische Tagebuch zu aktualiseren und stattdessen ein entspannendes Wochenende verlebt habe.

Also – wo bin ich mit meiner Arbeit und meinem Leben? Warum bin ich zurzeit so glücklich? Lies weiter und find’ es raus!

Zunächst läuft KrigR jetzt mit meinem derzeitigen Co-Autor, ehemaligen Co-Supervisor und persönlichen Freund Richard Davy am Nansen Environmental and Remote Sensing Center in Bergen. Bisher läuft KrigR gut an seinem Ende und er entwickelt Benchmarking-Techniken und Vergleiche von Methoden und Datensätzen, bei denen ich mir nur : “Huh, daran hätte ich nie gedacht. Das ist wirklich klug.” denken kann. Richard, wenn du das zufällig liest (und warum würdest du die deutsche Version hier lesen?): Ich versuche nicht rumzuschleimen, mein Bester. Ich weiß nur wirklich nicht viel über Klimawissenschaft (wie Du nur zu gut weißt).

Zweitens. NETZWERKE! Ich habe endlich die riesigen Mengen an potenziellen An-/ Abwesenheitsdaten, die ich für mein erstes Arbeitspaket angehäuft habe, so sortiert und verarbeitet habe, dass ich jetzt Artenassoziationsnetzwerke erstellen kann. Warum ist das so eine große Sache für mich? Nun, mein PC (und im Übrigen fast kein PC auf der Erde) könnte die Daten über das Vorhandensein/Fehlen von Zehntausenden von Arten in einer Matrix von Standortn nach Arten verarbeiten, wobei Standorte auf globaler Ebene 9 x 9 km große Gitterzellen darstellen (wir sprechen hier von Millionen von Standorten allein für terrestrische Lebensräume). Um dieses Problem zu umgehen musste ich biologisch sinnvolle Wege finden, um die Daten in kleinere Gebiete aufzuteilen, und das habe ich jetzt getan! Ich möchte hier wie üblich nicht zu viel verraten aber ich bin ziemlich stolz darauf. Damit kann ich endlich Artenassoziationsnetzwerke für jedes dieser mysteriösen Gebiete aufbauen. Diese Netzwerke sind nicht schön. Oder nützlich. Noch nicht.

Drittens und passend zu meinen (noch) nicht nützlichen Netzwerken, habe ich gerade eine sehr interessante Veröffentlichung darüber gelesen, warum An-/Abwesenheitsdaten allein nicht ideal sind (mit Sicherheit ein Euphemismus), um Arteninteraktionen/-assoziationen zu identifizieren. Ich muss einige meiner Ansätze zum Aufbau von Artenassoziationsnetzwerken für meine Doktorarbeit überdenken, wenn ich mein drittes Arbeitspaket und Wichtigstes Arbeitspaket abschließen möchte. Ich freue mich darauf, mich mit dieser Problematik außeinanderzusetzen und mir daran die Zähne auszubeissen (hoffentlich nicht umsonst)!

Schlussendlich hat sich mein Privatleben, ohne zu sehr ins Detail zu gehen, deutlich zum Besseren gewendet, indem ich hier in Aarhus einige neue soziale Kontakte aufgebaut habe (was mit der gegenwärtigen Situation bisher schwierig war).

Erik Kusch
Erik Kusch
PhD Student

In my research, I focus on statistical approaches to understanding complex processes and patterns in biology using a variety of data banks.

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