Week 12-15 2020 | Aarhus, DK

[English] Double-Whammy in Social Isolation

Well, here we have it. Going into my PhD project and setting up this virtual diary, I knew I would miss my self-imposed bi-weekly schedule at some point. I had hoped it would happen because I was away from any internet access travelling somewhere with loads of mountains or working on the Achmore Research Station not because a global pandemic and the ensuing social isolation would suck the motivation out of me. Alas, it has come to this.

Just three days ago, I received an outlook calendar reminder to catch my flight to Glasgow to head up to the Scottish Highlands and spend two weeks on Scoraig, taking care of a small croft and some wild Exmoor ponies. Instead, I am trapped in flat Denmark and the nearest Exmoor ponies are a good 40 kilometres away from my apartment. I don’t have a bike here yet. Whatever, I’ll stop whining now and tell you about what happened in these last four weeks.

Weeks 12 through 14 saw me working on my first RPackage – KrigR – which is a vital component of my second PhD work package. While making pretty decent progress throughout weeks 12 and 13 on this project, week 14 showed me just how tedious problem-solving in bioinformatics can be. Not that I didn’t know this before, but this was on another level. In short, I needed a number to be very precise to enforce a square grid of climate data for statistical downscaling purposes. This seemed impossible or arbitrarily achievable at best as it always circled around to the machine precision of whichever computer my RPackage would run on. By the end of week 14, I caved in and asked a highly skilled colleague – Blas M. Benito – for help. To my astonishment (and delight), he pointed me towards the solution to my problem in a mere half an hour. I clearly still have ways to go and things to learn and I am excited by that! With this help and the last bug ironed out, my RPackage went into alpha testing by the end of week 14. I can’t wait to hear feedback from colleagues and to fix the bugs they are sure to discover – there’s no way I thought of all eventualities in my code, right?

Week 15 started off with me being thoroughly drained of any and all motivation. Luckily, I had racked up some additional days off in the preceding weeks and so I took it easy, limiting my work output to a literature study of global bird diversity (an integral part of my first PhD work package) and some conceptual background on species vulnerability to climate change.

The past four weeks also had me double-down on my teaching involvement. Through weeks 13 and 14, I gave two lectures per week on a variety of statistical considerations with explicit applications in R. This week (week 15), I gave another lecture on statistical matters – this time with a much more theoretical and numeracy-oriented focus. You can find all of those talks on here.

[German] Doppel-Post in sozialer Quarantäne

Nun, hier haben wir es. Als ich in mein Promotionsprojekt begann und dieses virtuelle Tagebuch erstellte, wusste ich, dass ich irgendwann meinen selbst auferlegten zweiwöchentlichen Zeitplan verpassen würde. Ich hatte gehofft, dass es passieren würde, weil ich keinen Internetzugang hatte, während ich irgendwo in den Bergen unterwegs bin oder an der Achmore Research Station arbeite – nicht, weil eine globale Pandemie und die daraus resultierende soziale Isolation die Motivation aus meinem Leib saugen würde. Jetzt habe ich den Schlamassel.

Erst vor drei Tagen gab mir mein Outlook-Kalender eine Erinnerung an meinen geplanten Flug nach Glasgow, um von dort in die schottischen Highlands zu fahren und zwei Wochen auf Scoraig zu verbringen, um mich um ein kleines Haus und einige wilde Exmoor-Ponys zu kümmern. Stattdessen bin ich im flachen Dänemark gefangen und die nächsten Exmoor-Ponys sind gut 40 Kilometer von meiner Wohnung entfernt. Ich habe hier noch kein Fahrrad. Egal, ich höre jetzt auf zu jammern und erzähle euch, was in den letzten vier Wochen passiert ist.

In den Wochen 12 bis 14 arbeitete ich an meinem ersten RPackage – KrigR – dass ein wesentlicher Bestandteil meines zweiten Doktorarbeitspakets ist. Während ich in den Wochen 12 und 13 bei diesem Projekt ziemlich gute Fortschritte gemacht habe, hat mir Woche 14 gezeigt, wie mühsam das Lösen von Problemen in der Bioinformatik sein kann. Nicht dass ich das vorher nicht gewusst hätte, aber das war ein besonders harter Brocken. Kurz gesagt, mein RPaket musste eine Zahl produzieren, die sehr genau sein musste, um ein quadratisches Raster von Klimadaten für statistische Skalierungszwecke zu erzwingen. Dies schien unmöglich oder bestenfalls willkürlich erreichbar zu sein, da es immer mit der Maschinengenauigkeit des Computers einherging, auf dem mein RPackage laufen würde. Ende der 14. Woche gab ich nach und bat einen hochqualifizierten Kollegen – Blas M. Benito – um Hilfe. Zu meinem Erstaunen (und meiner Freude) wies er mich in nur einer halben Stunde auf die Lösung meines Problems hin. Ich habe eindeutig noch viel zu entdecken und Dinge zu lernen und das freut mich! Mit dieser Hilfe und dem letzten ausgebügelten Fehler ging mein RPackage Ende der 14. Woche in den Alpha-Test. Ich kann es kaum erwarten, Rückmeldungen von Kollegen zu bekommen und die Fehler zu beheben, die diese sicher entdecken werden. Ich habe auf keinen Fall alle Eventualitäten in meinem Code und dessen Anwendung bedacht, oder?

Woche 15 begann damit, dass mich jegliche Motivation verlies. Glücklicherweise, hatte ich in den vorangegangenen Wochen einiges an Überstunden angesammelt und so machte ich es mir leicht und beschränkte meine Arbeit auf eine Literaturstudie über die globale Vogelvielfalt (ein wesentlicher Bestandteil meines ersten Doktorarbeitspakets) und einige konzeptionelle Hintergründe zu Artengefährdung durch den Klimawandel.

In den letzten vier Wochen habe ich mich auch in Bezug auf meine Lehrtätigkeit doppelt bemüht. In Woche 13 und 14 hielt ich zwei Vorlesungen pro Woche zu verschiedenen statistischen Methoden und Ansätzen mit expliziten Anwendungen in R. Diese Woche (Woche 15) hielt ich eine weitere Vorlesung zu statistischen Fragen – diesmal mit einem viel theoretischeren und mathematikorientierteren Fokus. All diese Vorträge findet ihr hier.

Erik Kusch
Erik Kusch
PhD Student

In my research, I focus on statistical approaches to understanding complex processes and patterns in biology using a variety of data banks.

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