Week 50-53 2020 & Week 01-04 2021 | Aarhus, DK

[English] New Year, Old Me, New Motivation

Today is going to be a big one. Not only because I missed my last monthly PhD-Diary entry, but also because a lot happened in the last two months. As I am writing this, I am a bit under a time crunch, so please excuse potential brevity.

Week 50 marked the end of my teaching involvement for the autumn semester of 2020 at Aarhus University. I accrued a lot of teaching hours (which I require for the completion of my PhD). Unfortunately, getting these registered with the University of Aarhus was much less than easy. Let alone streamlined. The University of Aarhus has a weird policy of requiring PhD students to teach B.Sc.-level courses. B.Sc.-level courses are mandated to be taught in Danish. Yet, the University hires a large number of international PhD students. Pick two, you can’t have three. Receiving teaching credit for non-B.Sc.-level courses is a hassle and being rewarded with teaching credit for non-established courses - quite frankly - is a nightmare, if not impossible. That experience left me seriously disheartened regarding teaching involvement at the University. During week 50, I also started up a brainchild on mine - the AU Bayes Study Group.

The following week, week 51, I finished my involvement in the Science Teaching Course at Aarhus University. The final session in this course focussed on effective feedback between students and supervisors and I would have liked this session to be one of the first, not the last, in this course. The rest of the week, I spent hurrying to get stuff done before Christmas so that the servers could keep busy while I would be spending a relaxed Christmas.

During the first half of Week 52, I implemented some final fixes to scripts I would run server-side over the holidays. With this settled and organised, I was ready for Christmas. What a Christmas it was. I got to eat delicious Raclette, cuddle beautiful cats, drink exquisite gin, and sleep in as much as I wanted. The company was top-notch and the place I spent Christmas at even has a bath tub. Living in luxury, I tell you.

During the waning days of 2020 - in Week 53 - I undertook a project I had been eye-balling for a while: website migration. I finally set aside some time to migrate my entire website from it’s former WordPress-based design to a blogdown-based design created via RStudio and hosted via GitHub. Overall, a great final project for 2020.

2021 started of strong and hasn’t stopped going strong yet. Week 1 of 2021 had me revisit and rework the manuscript for KrigR. I can’t go into too much detail for now, but it’s safe to say that this will be quite a paper, indeed. I’m genuinely excited for it! Following a thematic shift, I spent the rest of the week working on interaction network identification methods for my PhD Project and made striking progress on the implementation of pre-existing methods.

Week 2 of 2021 was all about data simulation for network identification methods. Before I apply the pre-existing methods to real-world data, or develop my own method, I want a good understanding of where certain methods encounter pitfalls or become unfeasable due to computational requirements.

Once the simulation code was established and cleaned of any bugs, I was ready to implement the pre-existing interaction network identification methods to these simulated data. I managed to get all of that done in week 3!

During the latest week - week 4 - I spent a lot of time on administrative work for the multitude of seminar series that I am organising. I also implemented some serious enhancements to KrigR, gave a (waht I believe to be) pretty good talk on linear (mixed) effect models, ran a very successful session on confounding effects in statistical analyses, and migrated my KrigR Workshop Material to this website.

[German] Neues Jahr, Altes Ich, Neue Motivation

Heute kommt ein großer Eintrag in das Doktorantentagebuch. Nicht nur, weil ich meinen letzten monatlichen PhD-Tagebuch-Eintrag verpasst habe, sondern auch, weil in den letzten zwei Monaten viel passiert ist. Während ich das hier schreibe, bin ich ein bisschen unter Zeitdruck. Tut mir leid, falls ich deswegen etwas kurz angebunden bin.

Woche 50 markierte das Ende meiner Lehrtätigkeit für das Herbstsemester 2020 an der Universität Aarhus. Ich habe viele Unterrichtsstunden gesammelt (die ich für den Abschluss meiner Promotion benötige). Leider war es nicht einfach, diese bei der Universität Aarhus zu registrieren. Geschweige denn gut machbar. Die Universität Aarhus hat eine seltsame Art, Doktoranden zu verpflichten, Kurse auf B.Sc.-Niveau zu unterrichten. Kurse auf B.Sc.-Niveau müssen auf Dänisch unterrichtet werden. Die Universität stellt jedoch eine große Anzahl internationaler Doktoranden ein. Zwei dieser Kriterien können erfüllt werden. Alle drei? Niemals! Das Erlangen von Lehrakkreditierung für Kurse außerhalb des B.Sc.-Niveaus ist mühsam und die Belohnung mit Lehrakkreditierung für nicht etablierte Kurse - ganz offen gesagt - ist ein Albtraum, wenn nicht unmöglich. Diese Erfahrung hat mich ernsthaft entmutigt, was das Engagement in der Lehre an der Universität betrifft. In Woche 50 habe ich auch eine lang gehegte Idee endlich ins Leben gerufen - die AU Bayes Study Group.

In der folgenden Woche, Woche 51, beendete ich meine Teilnahme am Dozentenkurs der Universität Aarhus. Die letzte Sitzung in diesem Kurs konzentrierte sich auf effektives Feedback zwischen Studenten und Betreuern, und ich hätte mir gewünscht, dass diese Sitzung eine der Ersten und nicht die Letzte in diesem Kurs ist. Den Rest der Woche beeilte ich mich, Dinge vor Weihnachten zu erledigen, damit die Server beschäftigt bleiben konnten, während ich ein entspanntes Weihnachtsfest verbringen würde.

In der ersten Hälfte der Woche 52 habe ich einige letzte Korrekturen an Skripten vorgenommen, die ich über die Feiertage serverseitig ausführen würde. Nachdem dies erledigt und organisiert war, war ich bereit für Weihnachten. Was für ein Weihnachten. Ich konnte leckeres Raclette essen, schöne Katzen kuscheln, exquisiten Gin trinken und so viel schlafen, wie ich wollte. Die Gesellschaft war erstklassig und der Ort, an dem ich Weihnachten verbracht habe, hat sogar eine Badewanne. Leben in Luxus!

Während der letzten Tage des Jahres 2020 - in Woche 53 - setzte ich mich an ein Projekt, dass ich mir schon seit einiger Zeit vorgenommen hatte: die Migration meiner Website. Ich habe mir endlich etwas Zeit genommen, um meine Website von ihrem früheren WordPress-basierten Design auf ein blogdown-basiertes Design zu migrieren, dass über RStudio erstellt und über GitHub gehostet wird. Insgesamt ein tolles Abschlussprojekt für 2020.

2021 begann stark und hat noch nicht aufgehört, stark zu sein. In Woche 1 von 2021 habe ich das Manuskript für KrigR überarbeitet. Ich kann vorerst nicht zu sehr ins Detail gehen, aber man kann mit Sicherheit sagen, dass dies in der Tat ein ziemlich tolles Paper sein wird. Ich bin wirklich gespannt darauf! Nach einem THemenwechsel in meiner Forschung, arbeitete ich den Rest der Woche an Methoden zur Identifizierung von Interaktionsnetzwerken für mein PhD-Projekt und machte bemerkenswerte Fortschritte bei der Implementierung bereits vorhandener Methoden.

In Woche 2 von 2021 ging es um Datensimulation für Netzwerkidentifikationsmethoden. Bevor ich die bereits vorhandenen Methoden an realen Daten anwende oder meine eigene Methode entwickle, möchte ich ein gutes Verständnis dafür haben, wo bestimmte Methoden auf Probleme stoßen oder aufgrund von Rechenanforderungen nicht mehr durchführbar sind.

Nachdem der Simulationscode erstellt und von Fehlern befreit worden war, war ich bereit, die bereits vorhandenen Methoden zur Identifizierung des Interaktionsnetzwerks für diese simulierten Daten zu implementieren. Ich habe das alles in Woche 3 geschafft!

In der letzten Woche - Woche 4 - habe ich viel Zeit mit der administrativen Arbeit für die Vielzahl der von mir organisierten Seminarreihen verbracht. Ich habe auch einige ernsthafte Verbesserungen an KrigR vorgenommen und einen (wie ich glaube) ziemlich guten Vortrag über lineare (gemischte) Modelle gehalten, leitete eine sehr erfolgreiche Sitzung über Confound Effekte in statistischen Analysen und migrierte mein KrigR-Workshop-Material auf diese Website.

Erik Kusch
Erik Kusch
PhD Student

In my research, I focus on statistical approaches to understanding complex processes and patterns in biology using a variety of data banks.

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