Week 28-31 2020 | Aarhus, DK & Bergen, NO

[English] Retreat to the Mountains

Here I go making a monthly update again. My holidays ended up approaching faster than I could keep up with and so I scrapped my PhD Diary update for weeks 28 & 29 and combined them with the entry for weeks 30 & 31.

Week 28 & 29 kept me busy getting to grips with the Aarhus University servers and setting up some code to run over the course of my holidays during weeks 30 & 31. Having set up some complex code to download air temperature and soil moisture data for the time period of 2000 up to 2020 in bi-weekly intervals at global scale, I encountered an unforeseen complication with my KrigR package which is designed to do exactly this. An error in my coding led to a faulty download of bi-weekly intervals which spanned across months. As you can probably guess, this is true for many two-week intervals. I hunkered down, fixed this issue, and began the downloading process anew. Additionally, I had planned to let the Aarhus server run some geospatial downscaling on these downloaded data sets for me while I would be vacationing. However, it had just come to my attention that KrigR could be enabled to statistically downscale using elevation data and slope aspect as well as steepness (derived from the elevation data) by default. My colleague Richard was kind enough to run some analyses on the usefulness of this while I would be gone.

Finally, I ended week 29 by hurrying (and failing) to meet a deadline for paper submission (which has been extended until the end of September while I was gone – yay). As my last duty in the office, I enabled an automatic E-mail reply which would be in effect during my holidays. Triumphantly, I hit ENTER and proceeded to turn my computer off for a full two weeks.

Those two weeks (week 30 & 31) took me to my old home – Bergen and the mountains around Hordaland. To be quite honest, it was an overwhelming and emotional moment to be back in the mountains, feel the cold downwind from the snowfield and the peaks, get my feet stuck in some mud, and feel my thighs burning as the views got better and better with every metre of elevation gain. I simply love the mountains. Unfortunately, the elation lasted not quite as long as I had hoped since I found tremendous amounts of snow which I had not anticipated and which stopped me from completing the planned route due to safety concerns for me and my hiking partner. Nevertheless, I enjoyed my time in the mountains and the shower back in civilization. I almost want to go back out there right away.

Nevertheless, on to more science (and hopefully some bi-weekly PhD entries along the way)!

PS.: I’m still editing the photos of my retreat and will be appending them to this entry once they are done!

[German] Erholung in den Bergen

Schon wieder ein monatliches Update. Meine Ferien banten sich schneller an als ich mithalten konnte und so verschob ich meinen Doktroandentagebucheintrag für die Wochen 28 und 29 und kombinierte sie mit dem Eintrag für die Wochen 30 und 31.

In den Wochen 28 und 29 beschäftigte ich mich mit den Servern der Universität Aarhus und richtete einen Code ein, der im Verlauf meiner Ferien in den Wochen 30 und 31 ausgeführt werden sollte. Nachdem ich einen komplexen Code zum Herunterladen von globalen Lufttemperatur- und Bodenfeuchtedaten im Zeitraum von 2000 bis 2020 in zweiwöchentlichen Intervallen auf eingerichtet hatte, stieß ich auf eine unvorhergesehene Komplikation mit meinem KrigR-Paket, das genau dafür ausgelegt ist. Ein Fehler in meiner Codierung führte zu einem fehlerhaften Download von zweiwöchentlichen Intervallen, die sich über Monate erstrecken. Wie Ihr wahrscheinlich erraten könnt, gilt dies für viele zweiwöchige Intervalle. Ich hockte mich hin, behob dieses Problem und begann erneut mit dem Download. Außerdem hatte ich geplant, den Aarhus-Server während meines Urlaubs eine geografische Runterskalierung dieser heruntergeladenen Datensätze durchführen zu lassen. Es war mir jedoch gerade aufgefallen, dass KrigR standardmäßig mithilfe von Höhendaten und Neigungsaspekten sowie der Steilheit (abgeleitet aus den Höhendaten) statistisch skalieren kann. Mein Kollege Richard war so freundlich, einige Analysen über die Nützlichkeit dieser Methode durchzuführen, während ich weg sein würde.

Schließlich beendete ich Woche 29, indem ich mich beeilte (und es versäumte), eine Frist (die bis Ende September verlängert wurde, als ich weg war – yay) für die Einreichung eines Manuskriptes einzuhalten. Als meine letzte Aufgabe im Büro habe ich eine automatische E-Mail-Antwort aktiviert, die während meiner Ferien wirksam war. Triumphierend drückte ich ENTER und schaltete meinen Computer für volle zwei Wochen aus.

Diese zwei Wochen (Woche 30 und 31) führten mich in meine alten Heimat – Bergen und die Gebirge in Hordaland. Um ganz ehrlich zu sein, war es ein überwältigender und emotionaler Moment, wieder in den Bergen zu sein, den kalten Wind vom Schneefeld und den Gipfeln zu spüren, meine Füße in etwas Schlamm zu stecken und meine Oberschenkel brennen zu spüren, während die Aussicht immer besser wurde mit jedem Meter Höhenunterschied. Ich liebe die Berge. Leider dauerte die Hochstimmung nicht ganz so lange an, wie ich gehofft hatte. Die Berge empfingen mich mit enorme Schneemengen, die ich nicht erwartet hatte und die mich aus Sicherheitsgründen für mich und meine Wanderpartnerin daran hinderten, die geplante Route durchzuziehen. Trotzdem habe ich meine Zeit in den Bergen und die Dusche in der Zivilisation genossen. Ich möchte fast sofort wieder raus.

Nichtdestotrotz: weiter zu mehr Wissenschaft (und hoffentlich einigen zweiwöchentliche Doktorandentagebucheneinträgen)!

PS.: Ich nachbearbeite die Fotos des Urlaubes noch und werde sie hier anhängen, sobald sie fertig sind.

Impressions from Norway

Erik Kusch
Erik Kusch
PhD Student

In my research, I focus on statistical approaches to understanding complex processes and patterns in biology using a variety of data banks.

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